Если у нас есть филиал то на него нужно отдельный файл заполнять?

Филиал заполняется отдельным файлом с указанием наименования филиала в названии файла.

Название групп во вкладке оставлять как "Группа1", "Группа 2" и т.д.?

Все верно, названия нужно оставлять Группа 1, Группа 2, Группа 3 и т.д. это важно при импорте данных в систему.

Как то можно заполнить сведения из MS Word (простым копированием)?

Как то можно. Если ФИО записаны в разных столбцах - то просто, если в одном - то сложнее, но возможно - все зависит от того - сколько у вас таких записей с обучающимися. если менее 100 - то лучше делать как делаете, если более - напишите нам - попробуем помочь.

Группа наименование (1Т2) или указывать группа (Туристы-краеведы)?

Наименование группы указывается такое - к какому вы привыкли. В дальнейшем в системе можно будет поменять.

Нужно ли вносить в шаблон выпускные группы?

Да, нужно.